Meyvelerin ömrünü uzatmak için soğuk depolama birincil yöntemdir. Elmalar ve armutlar, ortam sıcaklıklarında tutulduklarında hızla yumuşar. Kalitesini bir haftadan daha uzun süre korumak için bu meyveler soğuk depolama ortamında tutulmaktadır.
Elma ve armut, ağaç meyveleri arasında en uzun depolama ömrüne sahip olup, soğuk hava deposunda ideal koşullarda dört aya kadar, kontrollü atmosferlerde ise 12 aya kadar muhafaza edilebilmektedir. Soğuk hava deposundaki sıcaklıklar, çeşidin soğutma hassasiyetine bağlı olarak 0 ile 4ºC arasında değişir. Çoğu tür 0ºC'ye yakın sıcaklıklarda saklanabilir, ancak sabit bir sıcaklığı korumayan odalarda donmayı önlemek için oda sıcaklığının düzenli olarak izlenmesi önerilir. Honeycrisp türü elmalar, 2ºC'nin altındaki sıcaklıklarda saklandığında donma hasarına eğilimlidir. Honeycrisp ve diğer soğuğa duyarlı elmalar, 2-3ºC aralığında sıcaklıkta saklanmalıdır.
Soğuk hava depoları kullanımdan önce temizlenmelidir. Duvarları ve zeminleri sterilize etmek için tüm ürün dışarı çıkarılmalıdır. Kutular, kasalar sterilize edilmeli ve çürümüş meyve ve kalıntılardan arındırılmalıdır. Çürüme kaynaklarını ortadan kaldırarak meyve çürümesi riski azaltılmalıdır.
Soğutma üniteleri depoya ürün konmadan önce çalışır durumda olmalıdır. İdeal olarak, 0ºC civarında bir sıcaklığı koruyabilmeleri gerekir. Soğuğa duyarlı çeşitler için meyveleri 2 ila 3ºC arasındaki sıcaklıklarda saklama koşulu sağlanmış olmalıdır. Fanlar çalışır durumda olmalı ve hava sirkülasyonunu sürdürebilmelidir. Yüksek nem, Golden elmalarda yaygın olan su kaybını ve meyve büzülmesini azaltacaktır. Bu koşullar yerine getirilebilirse, meyve depodan daha iyi durumda çıkacaktır.
Pek çok elma çeşidi, soğuk depolamada 3-6 ay süre ile muhafaza edilirken, Kontrollü Atmosfer (CA) depolamada 9-12 ay süre ile muhafaza edilebilmektedir. Kontrollü Atmosfer altyapısına çeşitli aktörler tarafından yapılan yoğun yatırım, elmalara yıl boyunca erişime, hasat sonrası kayıpların azalmasını ve yetiştiriciler için kâr marjlarının iyileşmesini sağlamıştır. Kontrollü Atmosfer birimini kurmak yüksek maliyetli bir projedir, bu nedenle Kontrollü Atmosfer altyapısını desteklemek için bazı hükümetler sübvansiyonlar sağlamaktadır.
Elmanın daha düşük oksijen konsantrasyonu altında (bazı durumlarda %1'den daha düşük %1.0-1.3) kontrollü atmosfer soğuk depolarında saklanması, “elmanın ultra düşük oksijenli soğuk depoda depolanması” olarak da tanımlanmaktadır. Ultra-düşük oksijen deposu, hava geçirmez bir gaz soğuk odasıdır ve atmosferi daha düşük oksijen oranı ve daha yüksek miktarda CO2'den oluşur. Ultra düşük oksijenli soğuk hava deposunun, elma çeşitlerinin (Royal Gala, Red Delicious, Idared, Jonagold ve Golden Delicious) standart soğuk hava depolarında 3 ila 6 ay arasındaki depolama ömrünü, ürünün özelliklerini koruyarak 9-12 aya kadar uzattığı bazı araştırmalar tarafından ortaya konmuştur.